Đến với Công viên địa chất (CVĐC) Toàn cầu Non nước Cao Bằng, du khách sẽ có dịp khám phá nhiều di sản văn hóa vật thể và phi vật thể giá trị, trong đó có những giá trị sinh học quan trọng, với nhiều kiểu hệ sinh thái (HST), các loài sinh vật, nguồn gen phong phú và đặc hữu.
Theo Quy hoạch bảo tồn đa dạng sinh học, Cao Bằng có một hệ thống các khu bảo tồn, gồm: 1 vườn quốc gia, 5 khu bảo tồn loài - sinh cảnh, 5 khu bảo vệ cảnh quan, 1 khu bảo tồn đất ngập nước nội địa và 2 hành lang đa dạng sinh học. Hầu hết các khu vực này đều nằm trong phạm vi CVĐC Cao Bằng.
Vườn Quốc gia Phja Oắc - Phja Đén: Diện tích 11.960 ha, có 9 HST, trong đó HST rừng tự nhiên có diện tích 8.584,85 ha, chiếm 71,78%, với 47 loài thực vật quý hiếm và 66 loài động vật quý hiếm có trong Sách đỏ Việt Nam.
5 khu bảo tồn loài - sinh cảnh:
Khu bảo tồn loài - sinh cảnh vượn Cao Vít, huyện Trùng Khánh, gồm HST rừng trên núi đá vôi và các HST rừng tự nhiên khác ở khu vực huyện Trùng Khánh, giáp với Trung Quốc. Khu bảo tồn được Tổ chức FFI (Fauna and Flora International) hỗ trợ thành lập năm 2007 trên cơ sở phát hiện đàn vượn Cao Vít - vốn đã bị coi là tuyệt chủng - ở đây năm 2004. Khu bảo tồn hiện có diện tích tự nhiên 6.046,00 ha với 9 HST, 41 loài thực vật, 19 loài động vật quý hiếm.
Khu bảo tồn loài - sinh cảnh Trà Lĩnh - Thang Hen: Diện tích 5.164,00 ha, có 7 HST với 21 loài thực vật và 29 loài động vật quý hiếm.
Động Ngườm Ngao nằm trong Khu bảo vệ cảnh quan Bản Giốc, huyện Trùng Khánh.
Khu bảo tồn loài - sinh cảnh Hạ Lang: Được thành lập trên cơ sở khu rừng nguyên sinh trên núi đá vôi của huyện Hạ Lang. Diện tích 10.730,4 ha với 7 HST, trong đó riêng HST núi đá vôi có diện tích 7.343,00 ha, chiếm 58,96%, 37 loài thực vật và 39 loài động vật quý hiếm.
Ngoài ra còn có 2 khu bảo tồn loài - sinh cảnh nằm ngoài phạm vi CVĐC Cao Bằng ở các huyện Bảo Lạc, Bảo Lâm.
5 khu bảo vệ cảnh quan gồm:
Khu bảo vệ cảnh quan Pác Bó, huyện Hà Quảng: Trên cơ sở mở rộng Khu di tích Quốc gia đặc biệt Pác Bó với diện tích tự nhiên 6.354 ha.
Khu bảo vệ cảnh quan Trần Hưng Đạo, huyện Nguyên Bình: Trên cơ sở mở rộng Khu di tích Quốc gia đặc biệt rừng Trần Hưng Đạo với diện tích 1.143 ha.
Khu bảo vệ cảnh quan Báo Đông, huyện Thạch An: Trên cơ sở mở rộng khu di tích Báo Đông (Chiến dịch Biên giới 1950) hiện có với diện tích tự nhiên 3.997 ha.
Khu bảo vệ cảnh quan Bản Giốc, huyện Trùng Khánh: Diện tích 566 ha.
Khu bảo vệ cảnh quan Lam Sơn, huyện Hòa An: Diện tích 75 ha.
1 Khu bảo tồn vùng nước nội địa sông Bằng: trên địa phận các huyện Hà Quảng, Hòa An, Phục Hòa và thành phố Cao Bằng với diện tích 575,8 ha.
2 hành lang đa dạng sinh học gồm:
Hành lang đa dạng sinh học xuyên biên giới kết nối Khu bảo tồn loài - sinh cảnh vượn Cao Vít Trùng Khánh với tỉnh Quảng Tây, Trung Quốc. Với chiều dài khu bảo tồn dọc biên giới 21,7 km, việc hình thành hành lang này có ý nghĩa trong hợp tác quốc tế về bảo tồn và khôi phục HST rừng, đẩy mạnh công tác bảo vệ môi trường, hợp tác nghiên cứu khoa học.
NhãnSuối Lê-nin nằm trong Khu bảo vệ cảnh quan Pác Bó, huyện Hà Quảng.
Hành lang đa dạng sinh học nội tỉnh kết nối Khu bảo tồn loài - sinh cảnh Hạ Lang với Khu bảo tồn loài - sinh cảnh Trùng Khánh nhằm hỗ trợ việc di chuyển, mở rộng đàn của các loài động vật quý hiếm cần được bảo tồn, đặc biệt là loài vượn Cao Vít.
